Новгородское отделение Государственного банка было образовано 13 ноября 1895 года - лишь через 35 лет после основания главного банка империи. Это было связано с тем, что в Новгородской губернии в те годы не было развито промышленное производство, отсутствовали реальные перспективы развития учреждения, ориентированного на выдачу крупных ссуд.

Особенностью Новгородского отделения Государственного банка стало развитие преимущественно мелкого кредита. Его основными операциями были прием вкладов на хранение, выдача ссуд под залог государственных процентных бумаг, акций и облигаций, обмен кредитных билетов.

Первоначально отделение снимало двухэтажный каменный дом купца А.М. Агапова, который располагался на углу улиц Большой Михайловской и Николаевской. С января 1905 года Новгородское отделение Государственного банка переехало в арендованное на 10 лет здание, принадлежавшее новгородскому купцу 2-й гильдии П.И. Ширяеву. Построенный в 1898-1899 годах дом располагался на углу улиц Славной и Знаменской. В 1912 году после смерти П.И. Ширяева его наследники выставили дом на продажу, и здание было выкуплено Новгородским отделением Государственного банка. Таким образом, отделение банка размещается по вышеуказанному адресу с 1912 года.

На основании "Положения об учреждениях мелкого кредита" от 7 июня 1904 года при отделениях Государственного банка были учреждены инспекции мелкого кредита. В Новгородской губернии они начали функционировать в 1905 году. Эти инспекции, находившиеся в ведении Новгородского отделения Государственного банка, содействовали открытию учреждений мелкого кредита в губернии и осуществляли их ревизию. (Они были упразднены после Октябрьской революции на основании декрета СНК РСФСР от 1 марта 1918 года "Об упразднении Управления по делам мелкого кредита".)

Новгородское отделение Государственного банка было ликвидировано на основании декрета ВЦИК от 14 декабря 1917 года "О национализации банков", в соответствии с которым оно вошло в состав Новгородского губфинотдела. С 1918 года Новгородское отделение Народного банка РСФСР возобновило свою работу в качестве самостоятельного учреждения. В этот период оно обслуживало территории трех губерний: Новгородской, Череповецкой и Псковской.

В 1921 году Новгородское отделение Народного банка РСФСР было преобразовано в Новгородское отделение Государственного банка РСФСР, а в 1923 году - в Новгородское отделение Госбанка СССР.

Во время Великой Отечественной войны в 1941 году Новгородское отделение Госбанка СССР было эвакуировано. После освобождения Новгорода в 1944 году на короткое время - на период разбора завалов и восстановления основного здания, от которого фактически остались лишь стены, банковские операции были перенесены в пригородный поселок Григорово. После войны к восстановленному зданию отделения был надстроен третий этаж.

Приказом по Государственному банку СССР от 14 июля 1944 года на базе Новгородского отделения Госбанка СССР была образована Новгородская областная контора Госбанка СССР. На 1 февраля 1947 года областная контора имела в своем подчинении 24 отделения и городское управление.

С 1 января 1988 года Новгородская областная контора Госбанка СССР была преобразована в Новгородское областное управление Госбанка СССР.

В 1990 году наименование учреждения вновь изменилось - Новгородское областное управление Госбанка СССР стало сначала Главным управлением Госбанка РСФСР по Новгородской области, затем - Главным управлением Центрального банка РСФСР по Новгородской области. В январе 1992 года оно было переименовано в Главное управление Банка России по Новгородской области.